Se passa décadas depois do fim de
Yu-Gi-Oh GX. Yu-Gi-Oh! 5D's mostra que os duelos avançaram bastante, ganhando um novo aspecto, sendo chamados de Riding Duels, sendo jogados em grandes estádios, e os duelistas andam em D-Wheels (um tipo de motocicleta), duelando neles. Mas esses duelos especiais são mais difíceis que os normais, como não poder usar cartas mágicas normais, e sim as Speed Spells, que são usadas de acordo com os Speed Counters do jogador. A cidade mudou muito também, ficou mais futurística, sendo chamada de Neo Domino City, guiada pelo
Rex Godwin, seu líder. A história começa quando Yusei Fudo tem seu D-Wheel e sua carta Stardust Dragon roubados pelo seu rival
Jack Atlus. Ele vai atrás de Jack para recuperá-los saindo da sua cidade Satellite, que é a parte pobre de Neo Domino City. Eles se encontram, e acabam duelando. Eles invocam seus dois monstros mais fortes. No choque dos dois, aparece o dragão mais poderoso do anime, o dragão vermelho, interrompendo o duelo. A partir daí é revelado que os dois são signatarios por possuírem dragões e marcas com partes de dragão, sendo que existem 5 deles. Após o final da primeira temporada, Crow se torna o quinto signatario, apesar do quinto dragão permanecer desconhecido.
